1 抗HIV病毒药物的研究：
如何克服耐药性问题已成为抗艾滋病药物研发的关注点。课题组通过对酶与抑制剂复合晶体结构及构效关系的深入研究，利用计算机分子模拟，设计合成了6种类型的单靶点非核苷类逆转录酶抑制剂，从中发现了一些高效低毒且对临床变异株具有一定活性的先导化合物。在此工作基础上，又将目光转向了多靶点药物的研究，设计了逆转录酶分别与整合酶以及进入环节的两种双靶点抑制剂。期望通过产生协同效应，减少交叉耐药而达到最佳的治疗效果。
2 基于叶酸类单碳单位转移酶的抗肿瘤新靶点的研究
将肿瘤药物研究由传统方式转向肿瘤病因学和病理学过程中起作用的特异分子及生物靶点，探索抗肿瘤药物研究的新途径，发现作用靶点新、类型新的抗肿瘤药物，以克服现有的治疗药物在发挥抗肿瘤活性的同时对人体正常细胞造成的损害。
3 神经保护作用研究
（一）新型四环素类似物的设计合成
神经元损伤及神经退行性疾病，例如中风、阿尔茨海默病（AD）、帕金森病（PD）等，都是以神经细胞损伤和死亡为基本特征。第二代四环素类药物如米诺环素具有抑制小胶质细胞的活性，可用于脑缺血后神经元损伤保护。本课题组证明新型四环素类似物的抗菌活性和神经元保护作用是互不依赖的，即研究从结构上消除四环素类似物的抗生作用但仍保留其神经保护作用，为治疗和预防神经元退行性疾病开启新的途径和新的思路。
（二）咖啡酸苯乙酯（Caffeic Acid Phenethyl Ester，简称CAPE）及其衍生物进行神经保护作用研究。
CAPE对包括脑组织在内的多种组织和细胞系具有抗炎（anti-inflammation）和免疫调节的作用，还具有非常显著的神经保护作用。研究CAPE及其衍生物在多个环节阻断导致神经退行性损伤的多条通路，寻找“一药多效”的化合物（multipotent drug）。
